Никольская церковь встречает каждого, кто входит в монастырь через Святые врата. Это не случайно: храм построен прямо над воротами, поэтому его называют надвратным храмом. Такие церкви одновременно освящали главный вход в обитель и напоминали каждому входящему, что он переступает порог особого, святого места.

Первый храм над Святыми вратами появился здесь в 1613–1625 годах. Он был деревянным, с высоким шатровым завершением, и был посвящён святителю Николаю Чудотворцу. Кроме главного престола, в нём находились два придела — небольшие боковые алтари, освящённые в честь святых Бориса и Глеба, а также Зосимы и Савватия Соловецких. Деревянная церковь дважды погибала в пожарах — сначала в 1629 году, затем в 1668-м.

Современный каменный храм начали строить в 1682 году при игумене Ионе, который стал настоятелем монастыря после святителя Митрофана Воронежского. Работами руководил мастер Давид Гаврилов из Солигалича. Кирпич изготавливал Харлам Лукоянов, известь и строительные материалы доставляли по реке, а кузнецы из Солигалича ковали железные связи, укреплявшие кладку. Строительство завершилось в 1685 году.

Церковь занимает место в восточной части монастырской стены и является характерным памятником русского зодчества XVII века. Основной объём храма представляет собой четверик — почти квадратное в плане помещение, на котором строилась большая часть русских храмов того времени. Его венчает невысокая четырёхскатная кровля особой формы, а над ней возвышается стройный световой барабан — цилиндрическое основание с окнами, через которые внутрь проникает дневной свет. Барабан завершён небольшой луковичной главкой, покрытой деревянной или металлической «чешуёй», напоминающей рыбью.
С восточной стороны к храму примыкает алтарь — самая священная часть церкви, где совершается Евхаристия. Он заметно выступает вперёд относительно основного объёма здания. В середине XIX века к западной стороне пристроили просторную трапезную — большой зал, где сегодня собираются верующие и проходят приходские мероприятия. Исторически трапезная служила местом общей монастырской трапезы и собраний братии.
Если внимательно рассмотреть фасады, можно увидеть множество декоративных деталей XVII века. Под крышей проходит карниз — выступающий горизонтальный пояс, защищающий стены от дождя и одновременно украшающий здание. Он оформлен поребриком — узором из кирпичей, поставленных под углом, благодаря чему возникает характерная игра света и тени. Окна обрамлены нарядными наличниками с тонкими декоративными колонками. Над ними расположены кокошники — декоративные завершения в форме заострённой арки, напоминающей старинный русский женский головной убор.
Под храмом находятся Святые врата. Их широкие арки опираются на массивные каменные опоры, а в центре расположен мощный пилон — прямоугольный столб, принимающий на себя значительную часть веса всей постройки.

Внутри основной объём храма перекрыт высоким сводом сложной формы, состоящим из четырёх плавно сходящихся поверхностей. Благодаря окнам барабана пространство освещается естественным светом сверху, что создаёт ощущение высоты и лёгкости. Алтарь соединён с храмом тремя широкими арочными проёмами, а трапезная представляет собой просторное светлое помещение с ровным потолком.

В XIX веке храм значительно обновили. В 1842 году был создан новый иконостас — высокая перегородка с иконами, отделяющая алтарь от основной части церкви. В 1849–1854 годах возвели нынешнюю просторную трапезную. В 1853 году стены расписал художник Иван Аркадьев. Тогда же наружные стены украсили декоративной росписью «под шашки» — геометрическим орнаментом, имитирующим кладку из разноцветных каменных блоков. Несколькими годами позже художник Сергей Соколов выполнил под Никольским храмом большую композицию, посвящённую паломничеству царя Михаила Фёдоровича Романова и его матери, инокини Марфы, в Макарьево-Унженский монастырь.

После закрытия монастыря в 1928 году судьба храма изменилась. Ещё раньше, в 1926 году, в нём разместили спортивный клуб «Прометей», позднее — краеведческий музей. В 1970–1980-х годах специалисты Костромской научно-реставрационной мастерской провели масштабные реставрационные работы, благодаря которым удалось сохранить исторический облик памятника.

В XXI веке восстановление продолжилось. После завершения основных работ 17 мая 2025 года Никольская церковь была вновь освящена. Сегодня, как и более трёхсот лет назад, она встречает каждого, кто входит в монастырь через Святые врата, соединяя в себе память о прошлом, красоту древнерусской архитектуры и живую молитвенную традицию.