Первый храм над святыми вратами был построен в 1613-1625 годах. Это была деревянная шатровая надвратная церковь в честь Николая Чудотворца с двумя пределами: Бориса и Глеба, а также Зосимы и Савватия Соловецких. В 1629 году во время пожара храм сгорел. По монастырской описи 1652 года: «на святых воротах три церкви древяны клетцки верхи шатровы, а в них престол Николая Чудотворча, другой Зосимы и Савватия не освящен, третий святых страстотерпцев Бориса и Глеба». В 1668 году эта церковь также сгорела.
        После управления монастырем игумена святителя Митрофана (Воронежского) (1675-1682 года) приемником его в должности настоятеля был игумен Иона (Первый) (1682-1688 года), вероятно казначей при игумене Митрофане, впоследствии живший в монастыре рядовым монахом. К постройке каменной надвратной церкви игумен Иона приступил в первый же год своего управления монастырем. На строительство взялся каменных дел подмастерье Давид Гаврилов из Солигалича. Делать кирпич для здания церкви взялся тот же Харлам Лукоянов, который поставлял изготовленный им кирпич на строительство Благовещенской церкви. Известь покупали в Солигаличе, откуда были наняты и кузнецы для ковки связей. Известь в бочках на стругах доставлял посадский человек Федор Андреев сын Бормоша. Окончание постройки и освящение Никольской церкви состоялось в 1685 году. Церковь занимает место в восточном прясле ограды.
        В позднейшее время при архимандрите Платоне в 1849 -54 годах пристроена к этой церкви обширная светлая трапеза, в которую ведут два входа по деревянным лестницам. Трапеза отделена от настоящей церкви каменною стеной с обширною аркой. Иконостас в церкви устроен при архимандрите Дионисии в 1842 и следующих годах. Стены расписаны при архимандрите Платоне в 1853 году. Никольскую церковь расписал дворовый человек господина Кокина -Иван Аркадьев. Сергей Михайлов Соколов возобновил живопись на боковых стенах Святых ворот под Никольской церковью. В 1856-1858 годах им была выполнена большая композиция на тему паломнических визитов царя Михаила Федоровича Романова и его матушки инокини Марфы в Макариевский Унженский монастырь в начале ХVII века. В 1853 году крестьянин Михей Харитонов украсил наружные стены надвратной Никольской церкви и трапезной братского корпуса росписью «под шашки». Вероятно, к тому же времени относилась живопись на декоративных закомарах собора и Макарьевской церкви, на алтарной стене Никольского храма.

В 1928 году монастырь был закрыт. Никольский храм уже в 1926 году был приспособлен под спортивный клуб «Прометей». В дальнейшем в нем находился Макарьевский краеведческий музей.
  В 1970-1980-хгодах в церкви проводились комплексные реставрационные работы Костромской научно-реставрационной мастерской. 

  В последние годы храм активно восстанавливался и 17 мая 2025 года был освящен, после чего в нем стали проходить богослужения.

Архитектурное описание храма

Церковь Николая Чудотворца — характерный образец надвратного храма второй половины ХVII века с поздней трапезной, в облике которой преобладают черты готического направления ранней эклектики. Четверик храма, завершенный пологой четырехлотковой кровлей, увенчан луковичной чешуйчатой главкой на цилиндрическом световом барабане. Трехчастный пониженный алтарь, сильно выдвинут вперед, крыт на три ската. Такую же трехскатную крышу имеет широкая прямоугольная в плане трапезная, по высоте равная алтарю. На главном восточном фасаде зона ворот отделена промежуточным карнизом от храмового объема. арки ворот опираются по краям на четырехгранные кубышки, и посередине – на прямоугольный в сечении пилон. В фасадном убранстве храма использованы традиционные элементы узорочья ХVII века - карнизы украшены широкими лентами поребрика, а окна заключены колончатые наличники с килевидными кокошниками. Барабаны главы прорезаны щелевидными окнами. стены трапезной разделены на два яруса узкой полочкой. Западный фасад имеет симметричную композицию. Внутри пространство поперечно ориентированного четверика храма завершено высоким четырехлотковым сводом с кольцом светового барабана. Три арочных проема соединяют храм с алтарем. Трапезная представляет собой хорошо освещенный зал с плоским потолком